종합부동산세 vs 재산세 이중과세 논란 | 2026년 9월 세제개편 분석

도입: 같은 집, 다른 세율의 모순

같은 주택에 대해 종합부동산세(국세)와 재산세(지방세)가 서로 다른 기준으로 부과되면서 납세자 불만이 폭발하고 있습니다. 2026년 9월 현재 재정경제부와 행정안전부는 각각 세제 개편안을 추진 중인데, 국세인 종부세는 거주·비거주를 차등 적용하고 지방세인 재산세는 이를 무시하면서 정합성 문제가 심화되고 있습니다. 공시가격이 전년 대비 9.13% 상승(서울은 18.60%)한 상황에서 1주택 소유자들의 세부담 급증이 예상되는 가운데, 이러한 이중 기준의 모순은 단순한 행정 문제를 넘어 세법 체계의 근본적 결함으로 지적되고 있습니다.

현황: 종부세와 재산세의 기준 불일치

2026년 현재 국세인 종합부동산세는 거주 여부를 기준으로 차등 과세하고 있으나, 지방세인 재산세는 이를 고려하지 않습니다. 재정경제부가 발표한 1주택 종부세 강화안에서는 공시가격 14억원(시가 약 20억원) 초과 시에만 종부세를 부과하되, 거주용 주택의 기본공제를 12억원에서 14억원으로 인상하고 비거주 주택은 9억원(수정안에서 12억원)으로 인하했습니다. 또한 기존 보유공제(최대 50%)를 거주공제로 전환하는 방식으로 거주자 우대 정책을 강화했습니다.

반면 행정안전부는 지방세 개편 시 초기 단계에서는 재산세도 거주·비거주를 구분하는 방안을 검토했습니다. 그러나 전국 1주택 1,075만호 중 공시가격 9억원 이하 대상자가 1,020만호에 달한다는 점을 감안하여 이 방안을 포기했습니다. 행정안전부의 판단에 따르면, 비거주 사유(취학, 전근, 해외 체류, 부모 봉양, 손주 돌봄 등)를 개별적으로 파악하여 거주로 인정하는 데 드는 행정비용이 재산세 감세 규모 566억원보다 클 것이라는 계산 때문입니다. 종부세 1주택 과세 대상자가 약 15만명 수준인 것과 비교하면, 그 규모의 차이가 극명합니다.

분석 1: 보유세 체계의 구조적 모순

같은 집에 대한 보유세이지만 국세와 지방세의 원칙이 완전히 다르다는 점이 이번 논란의 핵심입니다. 세법 전문가인 박훈 서울시립대 대외협력부총장(세무학과 교수)은 "같은 집에 대한 보유세인데 국세와 지방세의 원칙이 다르게 가면서 정합성의 문제가 생긴다"고 지적했으며, "종부세만 따로 볼 게 아니라 재산세와의 관계까지 포함한 보유세 전체 체계 내에서 재설계해야 한다"고 강조했습니다.

종부세가 도입된 지 20년 이상이 지났음에도 불구하고, 여전히 재산세와의 '이중 과세' 논란이 이어지고 있다는 점은 세법 체계의 일관성 부재를 의미합니다. 특히 공시가격 급등이 가속화되는 시점에서 이러한 모순이 노출되면서 납세자 불만이 증폭되고 있습니다.

현안 1: 비거주 기준의 모호성

종부세 강화안에서 비거주를 거주로 인정하는 '부득이한 사유'의 범위가 명확하지 않아 논란이 계속되고 있습니다. 재정경제부는 취학, 전근, 해외 체류, 부모 봉양 등 4가지 사유에 대해 최장 3년까지 거주로 인정하기로 했습니다. 그러나 '손주 돌봄', '환자 간호', '사업상 필요' 등 다른 사유들의 취급 기준이 불명확하며, 이에 따른 개별 분쟁이 증가할 것으로 예상됩니다.

행정안전부가 1,020만호에 대한 거주·비거주 판단을 포기한 이유도 결국 이러한 모호성입니다. 국세청과 지방세청이 각각 다른 기준으로 거주 판단을 하게 되면, 동일한 세대가 한 곳에서는 거주로 인정받고 다른 곳에서는 비거주로 처리될 수 있습니다. 이는 조세 형평성의 원칙을 심각하게 훼손하는 결과를 초래합니다.

현안 2: 공시가격 급등에 따른 세부담 급증

2026년 공동주택 공시가격이 전년 대비 9.13% 상승했으며, 서울의 경우 18.60%라는 높은 상승률을 기록하면서 1주택자들의 재산세 부담이 급격히 증가하고 있습니다. 행정안전부가 1주택 재산세 세율 특례를 2029년까지 3년 연장하기로 결정한 배경이 바로 이 때문입니다.

공시가격 9억원 이하 1주택에 대해 표준세율(0.1～0.4%) 구간에서 0.05%포인트 인하하는 특례는 명목상 완화 조치이나, 공시가격 상승률을 감안하면 실질적 세부담 경감 폭은 제한적입니다. 예를 들어 공시가격이 10% 상승하면서 세율은 0.05%포인트 인하되는 경우, 결국 세액은 증가하게 됩니다.

특히 서울의 18.60% 상승률은 전국 평균의 2배 이상이므로, 서울 거주 1주택자들의 실질적 세부담 증가는 매우 심각한 상황입니다. 이는 특정 지역의 주택 가격 급등이 세제 불균형을 더욱 심화시키는 악순환 구조를 보여줍니다.

배경: 종부세 도입 이후 20년의 논란

종합부동산세는 2005년 도입된 이후 지금까지 '이중 과세' 논란에서 벗어나지 못하고 있습니다. 당초 목적은 부동산 투기 억제와 조세 형평성 강화였으나, 시행 과정에서 재산세와의 중복 과세 문제, 기준 불일치, 행정 비효율 등 다양한 문제가 누적되어 왔습니다.

2005년 도입 당시 종부세는 공시가격 6억원 초과 주택에만 부과되었습니다. 이후 정치 상황과 부동산 시장 변동에 따라 기준이 수십 차례 변경되었으며, 현재는 14억원 초과에서 부과되고 있습니다. 이러한 빈번한 개편은 세법의 안정성을 해치고 납세자의 예측 가능성을 떨어뜨리는 결과를 초래했습니다.

더욱 문제가 되는 것은 종부세와 재산세 사이의 '역할 분담'이 명확하지 않다는 점입니다. 두 세목 모두 주택 보유에 대한 세금이지만, 적용 기준이 다르고 목적이 명확하지 않아 납세자 입장에서는 '같은 것에 두 번 내는 세금'으로 인식되는 것이 현실입니다.

개선안: 정부의 대응 방향과 한계

재정경제부는 대통령령을 통해 비거주 사유를 구체화하고 개별 사정을 충분히 인정하겠다는 방침을 밝혔으나, 행정안전부는 재산세에서는 이를 시행 불가능하다고 판단했습니다. 두 부처의 접근 방식이 근본적으로 다른 상황입니다.

재정경제부의 논리는 "종부세와 재산세는 서로 다른 세목이므로 성격이 다른 만큼 차이는 불가피하다"는 것입니다. 종부세는 부의 재분배와 투기 억제라는 정책 목표를 가진 반면, 재산세는 지방정부의 기본 재정 수입원이라는 관점에서 차이를 정당화하고 있습니다.

그러나 이러한 논리는 국민 입장에서는 설득력이 약합니다. 같은 주택에 대해 국세청은 거주를 인정하고 지방세청은 인정하지 않는 상황이 발생할 수 있기 때문입니다. 실제로 종부세 비거주 최장 3년 인정 기준과 재산세의 무차등 과세 방식이 충돌하면서 분쟁 사례가 증가할 것으로 예상됩니다.

관련 정책 연계: 1주택자 보호와 세수 확보의 딜레마

정부의 세제 개편은 1주택자 보호와 세수 확보 사이의 모순된 목표를 동시에 달성하려는 시도로 보입니다. 행정안전부가 재산세 특례를 2029년까지 연장하면서 전국적으로 566억원을 깎아주는 것은 명목상 1주택자 지원이지만, 실제로는 공시가격 급등에 따른 여론 악화를 완화하기 위한 차원입니다.

한편 종부세의 기본공제를 거주 주택은 14억원, 비거주 주택은 12억원으로 차등 설정한 것은 다주택자나 비거주 소유자에 대한 추가 과세를 의도한 것입니다. 이는 2020년 이후 추진되어 온 '다주택자 과세 강화' 정책의 연장선입니다.

그러나 이러한 이중적 접근은 카더라 부동산 정책 분석에서도 지적되듯이, 부동산 시장에 혼란을 초래할 수 있습니다. 비거주 주택에 대한 과세 강화는 부모 봉양, 손주 돌봄 등 정당한 이유가 있는 소유자들에게도 불이익을 줄 수 있기 때문입니다.

시나리오 1: 긍정적 전망 (세법 체계 개선 방향)

이번 논란이 보유세 전체 체계의 합리적 재설계로 이어질 가능성이 존재합니다. 만약 정부가 박훈 교수 등 전문가 지적을 수용하여 종부세와 재산세의 통합적 개편을 추진한다면, 다음과 같은 긍정적 결과를 기대할 수 있습니다:

첫째, 명확한 거주 기준의 통일로 납세자 예측 가능성이 높아질 수 있습니다. 국세청과 지방세청이 동일한 거주 판단 기준을 적용한다면, 이중 처벌이나 불공정한 과세 상황을 근본적으로 해결할 수 있습니다.

둘째, 세법의 정합성 강화로 조세 형평성이 개선될 수 있습니다. 같은 주택에 대해 국세와 지방세가 일관된 원칙을 적용한다면, "왜 종부세는 거주를 인정하고 재산세는 인정하지 않는가"라는 근본적 의문이 해소됩니다.

셋째, 주택 정책 관련 주식 분석에서 볼 수 있듯이, 부동산 시장의 확실성 증가로 투자 심리가 개선될 가능성이 있습니다. 세제가 명확해지면 부동산 투자 의사결정이 용이해지고, 시장이 안정화될 수 있습니다.

다만 이러한 개선이 실제로 이루어지려면 국회 입법, 행정 체계 개편, 그리고 상당한 조세 행정 비용이 수반되어야 합니다. 행정안전부가 이미 "566억원의 세수 감소에 비해 행정 비용이 더 클 것"이라고 판단했으므로, 정부의 결단이 필요한 상황입니다.

시나리오 2: 중립적 전망 (현재 체계의 부분적 개선)

정부가 현재의 종부세·재산세 이원 체계를 유지하면서 각 세목의 기준을 부분적으로 개선하는 방향으로 진행될 가능성이 높습니다. 이것이 가장 현실적인 시나리오입니다.

재정경제부가 이미 "비거주 사유를 대통령령에서 구체화하겠다"고 밝혔고, 행정안전부는 "1주택 재산세 특례를 2029년까지 연장하겠다"고 발표한 상황이므로, 각 부처가 자신의 세목 내에서 납세자 불만을 완화하는 방식으로 진행될 것으로 보입니다.

이 경우 종부세에서는 비거주 인정 기준이 조금 더 완화될 가능성이 있습니다. "손주 돌봄", "환자 간호" 등 추가 사유가 대통령령에서 구체화될 수 있으며, 이러한 사유에 해당하는 경우 3년 이상 거주로 인정받을 가능성도 열려 있습니다.

재산세는 현재의 세율 인하 특례가 지속될 것으로 예상됩니다. 0.05%포인트 인하 특례의 2029년 연장 결정은 이미 정해진 사실이므로, 향후 이를 2030년대까지 추가 연장할 가능성도 있습니다.

그러나 이러한 부분적 개선도 근본적인 이중 과세 논란을 해결하지는 못합니다. 국세와 지방세의 거주 기준이 여전히 다르기 때문입니다. 다만 시간이 지나면서 판례와 실무 관례를 통해 '암묵적 통일'이 이루어질 수 있다는 점은 긍정적입니다.

시나리오 3: 부정적 전망 (갈등 심화와 행정 분쟁 증가)

만약 정부가 종부세와 재산세의 기준 차이를 방치한다면, 납세자 불만과 행정 분쟁이 지속적으로 증가할 가능성이 있습니다. 이는 다음과 같은 부작용을 초래할 수 있습니다.

첫째, 개별 분쟁과 조세소송이 급증할 수 있습니다. 비거주 판정 기준의 모호성으로 인해 "국세청은 거주를 인정했는데 지방세청은 인정하지 않는다"는 식의 이중 처벌 사례가 증가할 것입니다. 특히 부동산 투자 관련 정보를 추적하는 투자자들이 이러한 불확실성에 민감하게 반응할 것으로 예상됩니다.

둘째, 정치권의 반발이 심화될 수 있습니다. 1주택 소유자들의 불만이 계속 폭발한다면, 선거 시즌에 이를 놓고 치열한 정치 공방이 벌어질 가능성이 있습니다. 현재 여당의 한 의원도 "다주택자 과세는 징벌적"이라고 주장한 바 있으므로, 정부 내에서도 의견 차이가 존재합니다.

셋째, 국가의 조세 신뢰도가 하락할 수 있습니다. 같은 주택에 대해 국세와 지방세가 다른 기준을 적용하는 모순적 상황이 지속되면, 납세자들은 "정부가 일관된 세정을 펴지 않는다"고 인식하게 되며, 이는 전반적인 세정 신뢰도 저하로 이어집니다.

넷째, 지방정부의 재정 확충이 어려워질 수 있습니다.만약 중앙정부가 종부세 강화를 계속하면서 재산세는 인정하지 않는 상황이 지속된다면, 지방정부는 세수 부족으로 인한 재정 위기를 겪을 수 있습니다. 현재 재산세가 지방세 중 중요한 수입원인 만큼, 이는 지방 자치의 기반을 약화시킬 수 있습니다.

시사점: 장기적 과제와 국제 사례

부동산 보유세 체계의 혼란은 한국만의 문제가 아닙니다. 일부 선진국도 유사한 문제를 경험했으나, 다른 방식으로 해결했습니다. 예를 들어 스웨덴과 노르웨이는 종부세를 폐지하고 재산세로 통합한 국가들입니다. 반대로 프랑스와 독일은 거주 여부를 명확히 구분하고 통일된 기준을 적용하는 방식을 취하고 있습니다.

한국이 현재 직면한 문제는 "어떤 방식을 선택할 것인가"라는 기본적 선택의 기로에 있습니다. 종부세와 재산세를 통합할 것인지, 아니면 명확한 기준 아래 이원 체계를 유지할 것인지 결정해야 하는 시점입니다. 현재의 "둘 다 유지하면서 기준은 다르게"라는 접근은 장기적으로 지속 불가능해 보입니다.

특히 부동산 세정 정보 더보기에서도 지적되듯이, 공시가격 제도 개편과 세법 개편이 동시에 진행되면서 납세자들의 혼란이 가중되고 있습니다. 2026년 공시가격 급등(평균 9.13%, 서울 18.60%)은 이러한 세법 문제를 더욱 긴급하게 만들고 있으며, 정부의 신속한 대응이 필요한 상황입니다.

자주 묻는 질문

Q. 종합부동산세와 재산세의 가장 큰 차이점은 무엇입니까?

A. 종합부동산세(국세)는 거주 여부를 구분하여 차등 과세하지만, 재산세(지방세)는 거주 여부와 관계없이 동일 기준으로 과세합니다. 예를 들어 공시가격 9억원대의 1주택이라도, 종부세에서는 비거주 판정 시 세율이 다르게 적용되지만 재산세는 동일하게 부과됩니다.

Q. 2026년 공시가격 상승이 실질적인 세 부담에 어떤 영향을 줍니까?

A. 전국 평균 공시가격이 9.13% 상승했고 서울은 18.60% 상승했습니다. 행정안전부가 공시가격 9억원 이하 1주택에 대해 세율을 0.05%포인트 인하하기로 했으나, 공시가격 상승률에 비하면 세부담 감경 효과는 제한적입니다. 예를 들어 공시가격이 10% 상승하면서 세율이 0.05%포인트 인하되는 경우, 결국 세액은 증가하게 됩니다.

Q. 비거주 판정 기준이 종부세와 재산세에서 다를 수 있습니까?

A. 현재 제도상 그럴 가능성이 매우 높습니다. 종부세에서는 취학·전근·해외 체류·부모 봉양 등 4가지 사유로 최장 3년까지 거주로 인정하기로 했으나, 재산세에서는 거주 여부를 판단하지 않기 때문입니다. 정부는 "대통령령에서 구체화하겠다"고 했으나, 행정안전부는 "1,020만명 대상자 관리가 불가능하다"고 판단했습니다.

Q. 재산세 특례가 언제까지 지속됩니까?

A. 행정안전부가 공시가격 9억원 이하 1주택에 대한 재산세 세율 특례(0.05%포인트 인하)를 2029년까지 연장하기로 결정했습니다. 5년 유효한 특례인 셈이며, 이후 추가 연장 여부는 부동산 시장 상황에 따라 결정될 것으로 보입니다.

Q. 왜 종부세와 재산세의 기준을 통일하지 않습니까?

A. 행정안전부는 "전국 1,020만명의 비거주 사유를 개별적으로 파악하는 데 드는 행정 비용(566억원의 감세 규모보다 큼)이 과도하다"고 판단했습니다. 반면 종부세 과세 대상은 약 15만명으로 관리 가능하다고 본 것입니다. 다만 세법 전문가들은 "보유세 전체 체계의 재설계가 필요하다"고 지적하고 있습니다.

Q. 손주 돌봄이나 환자 간호 같은 사유도 비거주 인정 범위에 포함될까요?

A. 현재로서는 포함되지 않습니다. 종부세 강화안은 취학·전근·해외 체류·부모 봉양 4가지만 명시했으며, 다른 사유는 "대통령령에서 구체화하겠다"고만 했습니다. 향후 추가 사유 인정 여부는 정부의 판단에 따를 것으로 예상됩니다.

Q. 1주택자가 실제로 받을 수 있는 세금 감혜는 얼마나 됩니까?

A. 행정안전부의 공식 발표로는 전국적으로 연간 약 566억원 규모의 재산세 감세가 예상됩니다. 그러나 이는 전체 1주택자의 평균이며, 개인별로는 주택 공시가격과 세율 구간에 따라 0원부터 수백만원까지 편차가 큽니다. 고가 주택(공시가격 9억원 초과)은 특례 대상이 아니므로 감세 효과가 없습니다.

결론: 세법 정합성 강화의 필요성

2026년 9월 현재 종합부동산세와 재산세의 이중 기준 문제는 더 이상 미룰 수 없는 과제가 되었습니다. 공시가격이 평균 9.13%, 서울은 18.60% 상승하는 상황에서, 거주 여부를 놓고 국세와 지방세가 다르게 판정하는 상황은 납세자 혼란을 극대화하고 있습니다.

정부의 부분적 개선안(종부세의 비거주 인정 범위 확대, 재산세 세율 특례 연장)도 분명히 의미가 있으나, 근본적인 해결책이 되기에는 부족합니다. 세법 전문가들의 조언대로 "보유세 전체 체계의 재설계"가 절실한 시점입니다.

현재로서 가장 현실적인 방향은 다음과 같습니다: 첫째, 국세청과 지방세청이 비거주 판정 기준을 명확히 통일하고, 이를 대통령령과 지방세 규칙에 동일하게 반영할 것. 둘째, 장기적으로는 종부세의 목적(투기 억제, 부의 재분배)과 재산세의 목적(지방재정 확충)을 명확히 정의하고, 이에 맞는 체계적인 개편안을 수립할 것. 셋째, 공시가격 제도 개편과 세법 개편을 연동하여 추진하되, 충분한 준비 기간을 두고 단계적으로 진행할 것입니다.

특히 1주택 소유자들의 불만이 '정치 쟁점'으로 비화되기 전에, 정부가 과감한 개편 의사를 보여야 할 때입니다. "같은 집에 다른 세율"이라는 모순은 조세 정의와 형평성의 원칙에 맞지 않으며, 장기적으로는 국가의 조세 신뢰도를 훼손할 수 있기 때문입니다.

면책 조항

본 기사는 2026년 9월 공개된 정부 발표 자료, 언론 보도, 세법 전문가 의견을 바탕으로 작성된 정보 분석 글입니다. 종합부동산세, 재산세 등 조세 정책은 정부의 판단에 따라 변경될 수 있으며, 개인의 구체적인 세무 상황에 따라 적용 기준이 달라질 수 있습니다. 본 기사의 내용을 근거로 개인의 세무 신고, 납세 계획, 부동산 투자 의사결정을 하시기 전에 전문가(세무사, 변호사, 공인회계사) 상담을 받으시기 바랍니다. 본 기사는 정보 제공만을 목적으로 하며, 어떠한 투자·조세 판단도 본지의 책임이 아닙니다.

데이터 출처:

• 한국경제 (2026년 9월) 종부세·재산세 개편안 관련 보도
• 행정안전부 공식 발표 (2026년 지방세제 개편안)
• 재정경제부 공식 발표 (2026년 국세 개편안)
• Google Trends (검색량 데이터, 2026년 9월)

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